In Silico validated primers for metabarcoding terrestrial vertebrate species from the Republic of Moldova
Închide
Conţinutul numărului revistei
Articolul precedent
Articolul urmator
348 16
Ultima descărcare din IBN:
2024-02-29 08:56
Căutarea după subiecte
similare conform CZU
597/599:577.21(478) (1)
Peşti. Ihtiologie. Amphibia. Amfibieni în general (141)
Sauropsida (351)
Mammalia. Mamifere (722)
Bazele materiale ale vieții. Biochimie. Biologie moleculară. Biofizică (664)
SM ISO690:2012
SÎTNIC, Victor. In Silico validated primers for metabarcoding terrestrial vertebrate species from the Republic of Moldova. In: Buletinul Academiei de Ştiinţe a Moldovei. Ştiinţele vieţii, 2022, nr. 3(347), pp. 71-77. ISSN 1857-064X. DOI: https://doi.org/10.52388/1857-064X.2022.3.08
EXPORT metadate:
Google Scholar
Crossref
CERIF

DataCite
Dublin Core
Buletinul Academiei de Ştiinţe a Moldovei. Ştiinţele vieţii
Numărul 3(347) / 2022 / ISSN 1857-064X

In Silico validated primers for metabarcoding terrestrial vertebrate species from the Republic of Moldova

In Silico валидированные праймеры для метабаркодирования видов наземных позвоночных из Республики Молдова

DOI:https://doi.org/10.52388/1857-064X.2022.3.08
CZU: 597/599:577.21(478)

Pag. 71-77

Sîtnic Victor
 
Institute of Zoology
 
Proiecte:
 
Disponibil în IBN: 17 martie 2023


Rezumat

În studiul de față ne-am propus design-ul și testarea in silico a unor primeri care ar putea fi utilizați pentru studii de metabarcodare a unor specii de vertebrate terestre din Republica Moldova. Utilizând tehnici bioinformatice, au fost determinate acoperirea taxonomică, specificitatea și gradul de conservare a noilor primeri în comparație cu primerii universali utilizați pentru metabarcodarea vertebratelor. Grupul țintă a fost format din 174 specii de vertebrate terestre care fac parte din fauna Republicii Moldova și au mitogenomul inclus în baza de date globală RefSeq. Noii primeri au demonstrat performanțe superioare în ce privește grupul de specii studiat.

In the present study, we aimed to design and perform in silico testing of new primers that could be used for metabarcoding research of terrestrial vertebrates species from the Republic of Moldova. Using bioinformatics techniques, were determined the taxonomic coverage, specificity and degree of conservation of new primers in comparison to universal primers used for vertebrate metabarcoding. The target group consisted of 174 terrestrial vertebrate species that are part of Moldova's fauna and whose mitogenomes are included in the global RefSeq database. In the frame of this group of species the new candidate primers demonstrated a superior performance.

В настоящем исследовании мы стремились разработать и провести in silico тестирование новых праймеров, которые можно было бы использовать для метабаркодирования некоторых видов наземных позвоночных из Республики Молдова. С помощью методов биоинформатики были определены таксономический охват, специфичность и степень консервативности новых праймеров по сравнению с универсальными праймерами, используемыми для метабаркодирования позвоночных. Целевая группа состояла из 174 видов наземных позвоночных, которые являются частью фауны Республики Молдова и чьи митогеномы включены в глобальную базу данных RefSeq. В рамках этой группы видов новые потенциальные праймеры оказались более эффективными.

Cuvinte-cheie
primeri, metabarcodare, ADN de mediu, in silico, vertebrate terestre,

metabarcoding, primers, eDNA, in silico, terrestrial vertebrates,

метабаркодирование, праймеры, эДНК, in silico, наземные позвоночные