Paraclisul Sf. Ioan cel Nou, plasat la al doilea nivel al turnului-clopotniţă, edificat de către Ștefan cel Mare în 1498, a fost decorat cu picturi murale la o dată necunoscută. S-a presupus că ar fi fost realizate la scurt timp după edificare, cca a.1500 (E. Firea), în a doua domnie a lui Petru Rareș, 15411546 (C. Costea), sau chiar pe timpul fiului său Ștefan, 1551-1552 (S. Ulea). Imposibilitatea identificării celor trei voievozi din partea conservată a tabloului votiv face dificilă tranșarea acestei probleme. Ţinând cont de dimensiunile mici ale paraclisului și de forma patrulateră, determinată de planimetria turnului în care a fost încadrat, dar pentru care s-a voit să se urmeze o tematică iconografică elaborată pentru bisericile cu spaţii mult mai generoase, soluţia la care s-a recurs a fost o amalgamare a subiectelor și ciclurilor tipice pentru altar, naos și pronaos într-un singur spaţiu. Acest lucru îl observăm și în sistemul de boltire, care se reduce aici la arcele mari, ce se sprijină pe console, pandantivi și calota semisferică, deci lipsind: tamburul turlei, sistemul de arce piezișe, însoţit de timpanele pe care le configurează și un rând suplimentar de pandantivi. În centrul calotei este figurat Pantocratorul, înconjurat de patru medalioane, în care sunt reprezentaţi, pe axul vest – est, Cel-vechi-de-zile și Tronul Hetimasiei cu porumbelul Sf. Duh, integrând, astfel, figura Panocratorului într-o imagine a Sf. Treimi, și doi arhangheli, pe axa nord – sud. Cercul cu reprezentarea Pantocratorului emană patru raze în care apar feţele Tetramorfului, iar de fiecare parte a lor – serafimi și heruvimi. Astfel, urmărim o sinteză între reprezentările din calote, primul registru al tamburului și arcul triumfal, așa cum s-au constituit la ctitoriile bisericești ale lui Ștefan cel Mare de la curţile de la Hârlău, Dorohoi, Popăuţi-Botoșani și la cea a mănăstirii Neamţ. În al doilea registru din calotă, pe axa estică, apare imaginea Maicii Domnului tronând flancată de îngeri, care preia locul celei din conca absidei altarului, absentă aici, și alternarea sinaxelor de îngeri cu figuri ale profeţilor veterotestamentari, conturate de arce pictate. Alţi profeţi mai apar în consolele imitate ale acestor arce. În acest caz, sunt întreţesute registrele puterilor cerești cu cel al profeţilor. Reprezentarea sinaxelor îngerești denotă clare trăsături de diferenţieri pe cete (în unele îngerii sunt încoronaţi, în veșminte regale, în altele poartă coifuri și armuri etc.), așa cum vedem la Dorohoi și Popăuţi-Botoșani și, mai târziu, la Probota. În pandantivi sunt, tradiţional, prezentaţi evangheliștii. Registrul evangeliștilor, tipic pentru bisericile moldovenești, este deplasat pe intradosurile arcelor mari. În lipsa de spaţiu, ciclul care a fost „sacrificat” pare a fi cel al Dodecaortonului. În registrele mediane ale zidurilor sunt reprezentate scene din Viaţa Sf. Ioan cel Nou și Pătimirile lui Hristos, iar în cel al teoriei sfinţilor – părinţii cuvioși. Privit în general, programul iconografic al paraclisului Sf. Ioan cel Nou pare a deriva din cele ale ctitoriilor ștefaniene din a doua jumătate a ultimului deceniu al secolului al XV-lea (Hârlău, Dorohoi, Popăuţi-Botoșani, Neamţ).