Воздействие устойчивых к антибиотикам бактерий из почвы природных и сельскохозяйственных экосистем может существенно повлиять на безопасность пищевых продуктов и, следовательно, на здоровье человека. Большая часть антибиотиков, выделяемых животными и людьми, попадает в почву при внесении навоза и осадка сточных вод в качестве органических удобрений. Антибиотики неизбежно воздействуют на аборигенные почвенные микробы, усиливая развитие резистентности микробов к антибиотикам. Даже в малых дозах они могут вызывать токсический эффект и формировать у микроорганизмов антибиотикорезистентность. Распространение генов устойчивости к антибиотикам (АРГ) в сельскохозяйственных почвах, растительном пищевом сырье и продуктах питания серьезно ограничивает использование органических удобрений в сельском хозяйстве. Данная статья является обзором библиографических источников, освещающих проблемы контаминации пищевых продуктов растительного происхождения патогенными и устойчивыми к антибиотикам микроорганизмами почвенного микробиома агроэкосистем.