Anul 1989 a devenit unul crucial pentru Republica Moldova ca, de fapt, şi pentru toate ţările ce au făcut parte din URSS. Schimbările de ordin politic au condus, la rândul său, la modificări de ordin economic, social, teritorial care, inevitabil, au atras după sine şi o serie de transformări în învăţământul universitar. La sfârşitul anului 1989 - începutul anului 1990 încep reformele şi la Universitatea de Stat din Moldova. În vâltoarea evenimentelor de atunci, la 17 octombrie 1990 este emis ordinul rectorului USM cu privire la „Concepţia învăţământului istoric naţional”, în care un loc de bază este atribuit Istoriei Neamului. Ca urmare a acestui ordin şi în temeiul hotărârii Consiliului Facultăţii de Istorie din 24 septembrie 1991, a fost schimbată structura Facultăţii de Istorie. Noua organigramă prevedea lichidarea catedrelor Istoria URSS, Istoria Antică şi Medievală, Istoria Nouă şi Contemporană, şi formarea a patru noi subdiviziuni: Istoria Românilor, Istorie Antică şi Arheologie, Istorie Medie şi Modernă, Istorie Contemporană. Aceste acţiuni reprezentau primele încercări de cristalizare a unei structuri – facultăţi ce ar fi corespuns cerinţelor timpului.