Evaluarea calității și regimului apelor subterane își cunoaște începutul în perioada postbelică, când au început sa fie constituite rețele de stații hidrogeologice. Monitorizarea şi controlul apelor subterane şi de suprafaţă folosite ca surse de apă potabilă se efectuează în conformitate cu standardele şi ordinele Ministerului Sănătăţii şi este asigurată de către instituţiile Serviciului sanitaro-epidemiologic de stat. Reţeaua de control include 3635 sonde arteziene şi 10 prize de apă din surse de suprafaţă (4 - r. Nistru şi 6 - r. Prut), folosite pentru potabilizarea apei. Pe teritoriul Republicii Moldova, conform principiilor stratigrafice, sunt relevate 17 complexe și straturi acvifere de diverse vârste, divizate în două categorii: acvifere freatice (fîntîni de mică adîncime); acvifere interstratale (sonde arteziene). Apele acvifere freatice sunt folosite intens în zonele rurale prin intermediul a cca. 250 mii fântâni și izvoare (estimarea Institutului de Geologie și Seismologie al AȘM). Rezervele apelor subterane din sonde constituie total 3 mln 173 mii m3/zi. Estimarea științifică arată, că țara noastră utilizează cca 50 mii m3/zi apă din sondele arteziene. Rețeaua de observații este alcătuită din 182 sonde exploatabile, dintre care 122 se află în regim dereglat, iar celelalte 60 sonde în regim slab dereglat. Rețeaua de monitorizare existentă este reprezentata prin 33 posturi. Monitorizarea şi evaluarea calităţii apei se bazează pe următoarele trăsături fundamentale: organoleptice, fizice, chimice, biologice. Este un proces de analiză, interpretare şi comunicare a acestor proprietăţi în cadrul activităţilor umane şi de conservare a mediului natural. Principalele probleme în ce privește apele subterane sunt: - conținutul mărit de fluor (16 mg/l) în raioanele Glodeni, Fălești, Ungheni, Călărași, Hîncești, Căușeni, Criuleni, Nisporeni, UTA Găgăuzia; - conținutul de natriu (200-560 mg/l) și amoniac (2-10 mg/l) în toate zonele; - conținutul de stronțiu (7-14 mg/l) – Orhei, Chișinău; - conținutul de hidrogen sulfurat (3-20 mg/l) – Ungheni, Hîncești, Căușeni, Chișinău, UTA Găgăuzia; - conținutul de fier (1-2,5 mg/l) – Bălți, Fălești, Edineț, Sîngerei, Cahul. Republica Moldova ocupă unul din ultimele locuri în Europa în ceea ce priveşte rezervele de apa potabilă pe cap de locuitor. - Calitatea apelor subterane, în cele mai multe cazuri nu corespunde cu standardele republicane, europene şi internaţionale (UNESCO, Organizaţia Mondială a Sănătăţii, şi altele); nu există un cadru legislativ coerent pentru gestionarea surselor de apă, implementarea tehnologii moderne de tratare a apei, de re-utilizare; - La multe întreprinderi, şi în zonele rurale nu există instalaţii de epurare a apelor uzate sau ele sunt în stare nefuncțională. O serie întreagă de boli netransmisibile sunt considerate astăzi ca fiind determinate sau favorizate de compoziţia chimică a apei: carența de iod – guşa endemică; carenţa de fluor – caria dentară; conţinutul ridicat de fluor – fluoroza dentar; nitrații – methemoglobinemia; mineralizarea excesivă – afecţiunile cardiovasculare; intoxicaţiile cu plumb; intoxicaţiile cu cadmiu.Deşi Republica Moldova dispune de rezerve de apă, managementul apelor este încă defectuos şi dezechilibrat. Pentru soluționarea managmentului apelor ar fi important realizarea următoarelor obiective: - realizarea politicii naţionale în domeniul resurselor de apă; - optimizarea regimului, bilanţului şi a calităţii apelor; - elaborarea programelor de stat, care vor contribui la abordarea integrată a activităţilor legate de gestionarea resurselor acvatice; - reducerea impactului negativ al factorilor antropici asupra calităţii apelor; - epurarea şi reutilizarea apelor, prin urmare duc la asigurarea cu apă potabilă. Realizarea acestor obiective va avea un impact pozitiv atât asupra mediului înconjurător, asupra creşterii economice şi a calităţii vieţii a populaţiei şi a ţării în ansamblu.