La 22 iunie – 16 iulie 1479 Ştefan cel Mare a început construcţia/ reconstrucţia cetăţii de piatră a Chiliei care a împrejmuit vechea citadelă atribuită genovezilor. În cazul de faţă poate trezi nedumeriri termenul extrem de scurt de efectuare a lucrărilor de construcţie (doar 25 de zile), dar cu implicarea unui număr impresionant de meşteri şi ajutoare (25000 de persoane) fortificația, totuşi, putea fi înălțată. Din iulie 1484 vestita întăritură de pe malul stâng al Dunării îi aparţine Țării Semilunii. Sultanul Bayezid al II-lea o ordonat să se repare construcţiile dărâmate în timpul asediului. Potrivit consemnărilor cronicarului turc Sa’adeddin Mehmed, în cinci zile au fost restabilite fortificaţiile Chiliei Noi. În secolele XVI-XVII cetatea a fost reparată de mai multe ori după acţiunile invadatoare ale cazacilor. La acea vreme fiecare provincie mare a Imperiului Otoman avea câte un arhitect şef propriu din componenţa Corpului Regal de arhitecţi, care se ocupa de proiectele militare. Era o perioadă în care specialiştii otomani realizau opere de inginerie ce corespundeau chiar și standardelor secolelor următoare. În secolul al XVIII-lea, în Ţara Moldovei de fortificația Chiliei se ocupau arhitectul din oraşul Hassa Abdullah Halif, bina emini El Hac Hasan, kapıcıbaşı Sabik Hasan Aga, adjunctul nazirului Salih Efendi, arhitectul Mehmed Tahir Aga, constructorii Mehmed, El Hac Ahmed. El Hac Emin ş.a. Au fost reparate Turnul lui Gedik Ahmed Paşa, Turnul Porţii cele Mari, cel de-al Doilea Turn al Porţii cele Mari, Turnul Lânii, Turnul Cebelului, Turnul Farului, Turnul Erzenului, Turnul Arapului, Poarta cea mică, Turnul munițiilor, Turnul armelor, Turnul Elefantului, Turnul Meiului, Turnul Agalei, Turnul crăpat ş.a. Pe la 1797 fortificația de piatră a fost înlocuită cu o cetatebastionară, edificată după proiectul inginerului francez François Kauffer la comanda sultanului Selim al III-lea. La începutul secolului al XIX-lea cetatea Chilia a fost reparată şi modernizată de inginerii militari ruşi.