Dacă e să ne referim la comunitatea armenească din Basarabia, dacă vom încerca să o amplasăm pe eşichierul politicii religioase a Imperiului Rus în această regiune şi nu numai, atunci după modul de comportament faţă de aceasta a autorităţilor ţariste şi a poziţionării faţă de ea a puterii centrale, ea s-ar situa alături de cea protestantă, dar în partea mai apropiată de centrul politic al puterii. Respectiva confesiune a fost încă din perioada lui Petru I observată, în sensul bun al cuvântului, de către administraţia rusă, fiind înzestrată cu o serie de privilegii, şi, de fapt, după părerea noastră, fiind cea mai apropiată ca atitudine, precum era şi cea faţă de Biserica Ortodoxă. Evident, acest lucru nu a fost întâmplător, armenii prestând o serie de servicii în beneficiul Imperiului Rus.  În aceleaşi mod a continuat politica ţaristă şi în timpul declanşării şi mersului conflictului ruso-otoman din 1806-1812. Cu toate că, încă nici pe departe nu se cunoşteau rezultatele finale ale conflagraţiei, deja în 1809, pentru conducerea spirituală a armenilor din teritoriile româneşti este organizată o episcopie, în fruntea căreia este pus Grigor Zaharean, candidatură susţinută atât de către feldmareşalul Prozorovschii, cât şi de Gavriil Bănulescu-Bodoni.  Alegerea candidaturii acestui personaj de asemenea nu a fost întâmplătoare, deoarece, pe de o parte, acesta era născut la Cetatea Albă, iar pe de alta, era mai mult decât loial faţă de autorităţile ţariste, lucru demonstrat prin activitatea şi faptele sale anterioare, fiind în acelaşi timp antrenat în luptele dintre grupările conducerii de vârf a comunităţii armeneşti din Imperiul Rus, numirea sa fiind un joc al puterii imperiale în vederea calmării spiritelor.  Urmând dispoziţiile autorităţilor imperiale, episcopul Grigor s-a prezentat în iunie 1809 la Iaşi, unde a şi fost stabilit sediul noii eparhii, pentru care au fost fixate şi statele de funcţiuni şi cheltuielile care urmau a fi acoperite din fondurile locale.  Activitatea acestei instituţii însă a fost de scurtă durată, deoarece odată cu încheierea păcii de la Bucureşti, ca şi în cazul lui Gavriil Bănulescu-Bodoni, Grigor Zaharean a fost nevoit să se retragă de la Iaşi. Dar, iarăşi, ca şi în cazul omologului său ortodox, acesta s-a stabilit la Chişinău, continuând să fie considerat episcop al armenilor din tot spaţiul românesc, urmând ca astfel să organizeze viaţa eparhiei într-un nou centru. Dar, este necesar de atras atenţia asupra faptului că acest lucru nu era unul întâmplător, deoarece în acest caz, Basarabia urma să preia funcţia pe care o avea colonia Grigoriopol, acum deci urmând să se dea exemplul „bunei guvernări ţariste” şi a atitudinii binevoitoare faţă de armeni pe exemplul nu a unui singur oraş, ci a unei regiuni.  Faţă de conducerea şi administrarea spirituală a armenilor, organele de conducere centrale şi locale au rămas în continuare a fi constante, urmând să traducă în viaţă scopurile care au fost puse. Tocmai din aceste considerente, deja în 1813, conducerii comunităţii armeneşti i s-a repartizat la Chişinău un teren de 13.300 stânjeni de pământ, precum s-a dispus mai apoi – pentru Casa episcopală, iar la acest teren, la cererea lui Zaharean, s-au mai adăugat 11970 stânjeni – pentru clădirea unei biserici şi a casei parohiale.  Este cunoscut că, în urma războiului ruso-turc din 1828-1829, la Rusia, deoarece aceasta concomitent deschisese acţiuni militare şi împotriva Persiei, a fost alipită o parte din teritoriu ce includea în sine şi hanatele Erevanului şi Nahicevanului. Acest lucru într-adevăr a dus la creşterea numărului populaţiei armeneşti ce se refugia din alte teritorii în regiunile patriei sale istorice. În acest sens, la 21 mai 1830 este adoptat de către guvernatorul General al Novorosiei şi Basarabiei decretul parafat de către împărat, prin care se aduce la cunoştinţă că, în urma creşterii considerabile a numărului armenilor în oraşele Nahicevan, Grigoriopol, Carasubazar şi în altele din sudul Rusiei şi Basarabiei, pentru o ocârmuire mai benefică a confesiunii, se constituie Eparhia Nahicevanului şi Basarabiei, pe lângă cea existentă a Ascerahanului, în fruntea ei fiind numit Arhiepiscopul Nerses. Astfel, Biserica Armeano-Gregoriană din Basarabia forma în Rusia una din cele şase eparhii existente, având în componenţa sa bisericile din Sankt-Petersburg, Moscova, Ekaterinoslav, Herson şi Basarabia, precum şi Rostov şi Taganrog. Episcopul acestei eparhii depindea de Patriarhul din Ecimiadzin şi s-a aflat la Chişinău până în anul 1875.  Or, nu putem să nu fim de acord cu faptul că numărul populaţiei armeneşti a crescut, dar din punct de vedere al aşezării sale geografice Nahicevanul era mult mai aproape de centrul spiritual al armenilor şi logic era să fi fost stabilit noul sediu tocmai în această localitate. Credem, însă, că anume în acest caz factorul economic şi-a avut de spus cuvântul, cu atât mai mult că în teritoriul interfluviului Pruto-Nistrian exista deja o structură administrativă bine definită, spre deosebire de noul teritoriu unde aceasta urma abia să fie constituită.  Definitivarea statutului acestei instituţii bisericeşti în cadrul Imperiului Rus are loc la 11 martie 1836 prin introducerea Regulamentului cu privire la Biserica Armeano-gregoriană din Imperiul Rus, care cum nu se poate mai bine, reflectă relaţia dintre puterea imperială şi această confesiune.  Acest act reglator va constitui norma legală a evoluţiei relaţiilor dintre Biserica armeană şi statul ţarist, fapt reiterat şi în Codurile de legi ale Imperiului Rus, şi vor funcţiona pe tot parcursul secolului al XIX-lea – începutul celui următor. În conformitate cu acest Regulament, Bisericii armeano-gregoriene i se acorda o structură de conducere autonomă. Conducerea supremă a acestei instituţii aparţinea Patriarhului, ce îşi avea locaţia în Mănăstirea Ecimiadzinului în cuprinsul Rusiei. Concomitent, acesta era considerat capul spiritual a tuturor celor ce practicau confesiunea armeano-gregoriană, fiind înzestrat cu titlul de Catolicos. Din punct de vedere al unităţilor administrativ-religioase, aceasta se împărţea în şase eparhii: a Erevanului, a Carabahului, a Georgiei, a Şemahinului, a Nahicevano, a Basarabiei şi a Astrahanului. Capii acestor unităţi erau numiţi sau destituiţi din rândurile demnitarilor bisericeşti ai acestei confesiuni de către împărat, aceştia fiind obligaţi a depune un jurământ de credinţă faţă de puterea imperială în momentul numirii lor.  În ajutorul şefilor eparhiali, pentru conducerea unităţilor încredinţate, se înfiinţau vicariatele şi consistoriile. Consistoriile duhovniceşti se constituiau în fiecare eparhie fiind conduse de către capul eparhial, în acestea fiind incluşi şi arhimandritul şi trei reprezentanţi ai preoţimii albe; printre funcţiile acestui aşezământ numărându-se supravegherea nemijlocită asupra preoţimii, buna funcţionare a unităţilor bisericeşti (care erau parohiile) şi a instituţiilor educaţional-bisericeşti, unele din problemele de ordin juridic ş.a. În parohii erau numiţi preoţi care aveau aceleaşi drepturi şi obligaţii ca şi semenii lor din cadrul Bisericii Ortodoxe Ruse. Şi ce era de fapt mai important conform Regulamentului din 1836, e că puterea laică avea posibilitatea şi dreptul de efectuare a controlului din punct de vedere administrativ şi politic asupra Bisericii armeano-gregoriene, fapt ce-i permitea puterii imperiale intervenţia în orice moment considerat de către aceasta necesar în afacerile acestei instituţii religioase. În concluzie, putem afirma faptul că „simpatia” Imperiului Rus faţă de confesiunea armenească rezulta nu atât din compasiunea autorităţilor ţariste sau de apropierea doctrinară a acestui cult religios de Biserica Ortodoxă, ci, în primul rând, din scopurile în care urmau să fie folosiţi reprezentanţii acesteia, în particular, şi obştea armeană, în general, din care au şi generat nenumăratele privilegii şi un statut „favorizant” în comparaţie cu alte minorităţi confesionale de pe teritoriul Basarabiei.