Documentele atestă prezența în orașul Chișinău a comunității armenești în anii ‘30 ai secolului al XVIII-lea. În lipsa documentelor şi investigaţiilor arheologice de rigoare, nu putem exclude faptul că armenii de aici au avut în oraş un lăcaş de rugăciune deja în secolul al XVII-lea. Oricum, în secolul al XVIII-lea armenii din Chişinău dispuneau de un lăcaş de cult, aflat pe locul actualei biserici armeneşti, în partea domnească, de început, a localității. Lăcașul era situat chiar în „inima” orașului, pe prima stradă paralelă laturii de nord-est a pieţei comerciale. La 1774, printre armenii chişinăuani este atestat preotul Musuz, care slujea la biserica armenească. Ea a fost grav afectată de incendiul care a cuprins Chișinăul în timpul operațiunilor militare din 1788. Circa 14 ani mai târziu, lăcaşul de cult a fost distrus de marele cutremur din 14 octombrie 1802. Cu binecuvântarea înalţilor ierarhi ai Bisericii armene, în anii 1803-1804 biserica a fost rezidită. Organizatorul şi conducătorul şantierului de construcţie/ reconstrucţie şi, posibil, arhitectul sfântului lăcaş a fost meşterul Vardan din Iaşi. Conform unei statistici din 1809, biserica armeană din Chişinău avea în state trei preoţi şi patru dascăli, în oraş locuind 113 familii de armeni. Cimitirul comunității armene a orașului era situat pe teritoriul moșiei vecine, Chișinău, în proximitatea vechiului cimitir ortodox al bisericii Măzărache. Totuși, anumite înmormântări mai importante erau practicate și în curtea bisericii. Printre acestea, se remarcă cele ale lui Manuc Bei Mirzoian, înmormântat aici la 1817, și ale fiicelor lui, Mariam și Gaiane. Pe parcursul secolelor XIX-XX ea a suferit mai multe intervenții, care i-au modificat imaginea exterioară. În 1993, prin decizia Parlamentului Republicii Moldova, acestui valoros bun de patrimoniu cultural construit din Chișinău i s-a acordat statut de monument de categorie națională.