Methodology defines the analysis method of matter and consciousness; it separates a scientific method of study from an unscientific one. Positivism, the empirical materialism, is the methodology in palaeontology based on facts, single empirical objects, which do not require pre-schematization and abstraction. The fossils, geological bodies that contain them and the processes that have formed them are the scope of research in palaeontology. The quintessence of research in palaeontology is the systematics of fossils. The correctness of the species definitions should be provided by reducing the subjectivity.Palaeontological data have become the factual basis of evolution, both in geology and biology. Therefore, attempts are made to assign palaeontology to the historical sciences. Methodological analysis of the subject of research in palaeontology, facts that palaeontology investigates, methods of research, time that palaeontology operates with, do not allow to include palaeontology into the historical sciences.Time in palaeontology performs the following functions : visualization of the relative (procedural) time as a set of materialized (embodied) segments of the universal time (in palaeontology, ontogeny determines their extreme points); indication the simultaneousness, sequence.

Методология определяет способ анализа материи и сознания, отделяет научный способ изучения от ненаучного. Методологией палеонтологии является позитивизм - эмпирический материализм, базирующийся на фактах – единичных эмпирических объектах, предварительно не требующих схематизации и абстрагирования. Предмет палеонтологии – фоссилии, геологические тела их содержащие, а также сформировавшие их процессы. Квинтэссенция исследования в палеонтологии – систематика ископаемых остатков. Корректность видовых определений должна обеспечиваться путем уменьшения субъективизма.Данные палеонтологии стали фактологической базой эволюционизма, как в геологии, так и биологии. Поэтому делаются попытки относить палеонтологию к историческим наукам. Методологический анализ предмета палеонтологии, исследуемых ею фактов, методов исследования, времени, которым она оперирует, не позволяет отнести палеонтологию к историческим наукам. Время в палеонтологии выполняет такие функции: визуализация oтносительного (процессуального) времени как множества материализованных (овеществленных) отрезков универсального времени (в палеонтологии их крайние точки определяет онтогенез); указание на одновременность, последовательность.