На территории бассейна Днестра до ее хозяйственного освоения существовала определенная экосистемная структура, формирование и развитие которой определялось фундаментальными природными законами. В результате инженерно-хозяйственной деятельности человека возникла антропогенная структура, также состоящая из систем, которые функционируют и развиваются в соответствие с социально-экономическими законами. Наложение антропогенной структуры на природную экосистемную мозаику привело к ее преобразованию в природно-антропогенный тип. Причем, границы природно-антропогенных систем, как правило, не совпадают с границами природных экосистем. На одной и той же территории можно выделить множество систем, обладающих определенной совокупностью связей, порожденных конкретным типом взаимодействия между различными компонентами, отображая таким образом полиструктурную сущность геопространства. Гармоничность взаимодействия общества и природы зависит от степени соответствия «программ» природного и социально-экономического взаимодействия, от согласования и взаимного упорядочения пространственных и временных структур социально-экономических и природных систем. В связи с этим возникает необходимость изучения сложных комплексов, включающих природу, человека и его деятельность. Эффективное выполнение этой задачи возможно осуществить, опираясь на системный подход, который позволяет представлять такие сложные комплексы как системы и использовать для их изучения методы системного анализа. Цель данной работы – показать возможность использования системного подхода к управлению природопользованием в бассейне Днестра.