Прокариоты имеют исключительное значение для жизни на Земле. Им принадлежит основополагающая роль в циклических превращениях основных элементов, необходимых для жизни (углерод, кислород азот, сера, фосфор) [1, 3]. Интерес к ним особенно возрос с внедрением молекулярно-биологических методов, которые внесли особый вклад в развитие микробиологии. Событием особой важности стало и открытие третьего домена жизни. В предложенной Карлом Вёзе трёхдоменной системе представители прокариот - археи и бактерии выделены в отдельные домены, наряду с доменом эукариоты. Теперь археи и бактерии связаны между собой не более тесно, чем с эукариотами. Термин «прокариоты» означает только «не эукариоты» [5]. Использование метода секвенирования гена 16S рРНК в филогенетической таксономии помогает изучить структуру микробных сообществ почвы, а затем оценить их связи с изменениями свойств почвы, что в конечном счёте играет важную роль в решении наиболее актуальных проблем экологии, например, таких как дегумификация почв и глобальное потепление [2, 4]. В данной работе были изучены таксономическая структура и разнообразие прокариотных сообществ чернозема типичного Молдовы на основе анализа гена 16S рРНК.