Investigaţiile fitoplanctonului au importanţă deosebită, determinată de rolul lui principal ca producător al substanţei organice, utilitatea lui în experienţele fiziologice şi ecologice, valoarea lui ca indicator şi ca factor al formării calităţii apei. Fitoplanctonul ecosistemelor acvatice din Republica Moldova e destul de bogat din punc de vedere al diversităţii speciilor şi dezvoltarea lui cantitativă. În perioada anilor 2000-2007 a fost studiată componenţa algoflorei râului Prut, fluviului Nistru şi lacurilor de acumulare Dubăsari, Cuciurgan şi Costeşti-Stânca. Investigaţiile efectuate pun în evidenţă 31 specii dominante, din care 15 aparţin filumului Bacyllariophyta, 6- filumului Chlorophyta, iar 10 specii fac parte din filumurile Cyanophyta şi Euglenophyta. Dezvoltarea şi distribuţia spaţială a fitoplanctonului este influenţată de o gamă vastă de factori ecologici abiotici şi biotici, care determină specificul dezvoltării şi răspândirii speciilor în componenţa algocenozelor. Astfel în ecosistemele fluviatile a fost înregistrată dezvoltarea considerabilă a speciilor: Coelastrum microporum Nageli, Cymbella lanceolata (Ehr.) V.H. var. lanceolata, Scenedesmus quadricauda Turp. var. quadricauda ş.a, iar în cele lacustre- Melosira granulata var. angustissima (O.Mull.) Hust, Pandorina morum (Mull.) Bory, Oscillatoria planctonica Wolosz, Synechocystis aquatilis Sauv ş.a. Unele specii se dezvoltă în abundenţă atât în ecosistemele fluviale cât şi în cele lacustre, din ele menţionăm - Nitzschia palea (Kutz.) W.Sm. var.palea, Synedra ulna (Nitzsch.) Ehr. var.ulna , Pandorina morum (Mull.)Bor. Specia Gymnodinium aeruginosum Stein et. Debl se dezvoltă în cantităţi mari doar în lacul de acumulare Cuciurgan, în care deseori provoacă „înflorirea apei”.