L’époque d’apparition de la coqueluche demeure inconnue et l’histoire de cette maladie infectieuse et contagieuse, strictement humaine, reste obscure. La coqueluche ne semble pas avoir été connue dans l’Antiquité. Le premier à décrire la maladie, alors appelée Tussis quintana, est Guillaume de Baillou (1538-1616) à la suite d’une épidémie qui s’est déclarée à Paris en 1578. Le caractère épidémique de la maladie est établi en 1682 par l’anatomiste anglais Thomas Willis (1621-1675) qui en raison de la nature convulsive de la toux donne le nom de Tussis puerorum convulsiva. Au cours des vingt dernières années du XIXe siècle, de nombreuses investigations sont effectuées pour mettre en évidence l’agent étiologique de la coqueluche. Jules Bordet et Octave Gengou, deux médecins microbiologistes belges travaillant à l’Institut Pasteur de Bruxelles, se lancent à la découverte du microorganisme responsable. En 1900, ils ont identifié la bactérie dans l’expectoration d’un nourrisson de cinq mois atteint de coqueluche, mais n’arrivent pas à l’isoler à cause de la fragilité du germe et sa croissance difficile. En 1906, ils isolent le même germe que celui observé en 1900, dans l’expectoration d’un nourrisson de deux mois grâce à la mise au point d’un milieu de culture, aujourd’hui connu comme milieu de Bordet-Gengou. Ils donnent le nom de Bacillus pertussis, nom qui deviendra plus tard Haemophilus pertussis et depuis 1952 Bordetella pertussis en l’honneur de Bordet. Compte tenu de la grande prévalence et gravité de la coqueluche au début du XXe siècle, Bordet et Gengou mettent aussi au point les conditions de production d’un vaccin coquelucheux composé de bactéries entières.