Microorganismele solului asociate cu plantele medicinale, în primul rând cele rizosferice, stimulează sinteza componentelor uleiului esențial produs de Origanum onites L: carvacrol, timol, etc. (Kutlu, 2019), a acizilor boswellici, produși de Boswellia sacra (Khan, 2017), hipericinei produse de Hypericum perforatum (Zubek, 2012). Rizobacteriile Bacillus subtilis și Pseudomonas fluorescens determină creșterea productivității plantei Pelargonium graveolens cu până la 27%. Unele microorganisme din sol sunt capabile să producă fitohormonul acid indolil acetic (Tamilarasi, 2007). Metaboliții unor microorganisme ar putea fi implicați în modularea producției de fitometaboliți bioactivi, cum ar fi artemisinina și paclitaxelul (Huang, 2018). O înțelegere profundă a interacțiunii microorganismelor solului cu plantele medicinale este posibilă doar prin metagenomică detaliată și abordări bioinformatice.