În repartiţia spaţială a precipitaţiilor atmosferice căzute pe teritoriul republicii se observă o diminuare a valorilor anuale de la 620 mm în nord-vest până la 470 mm în sud-est, fenomen determinat de situaţia geografică a Republicii Moldova faţă de direcţiile de mişcare a maselor de aer, însă caracterul zonal al repartiţiei precipitaţiilor atmosferice este modificat substanţial de relief.  Din cauza influenţei înălţimilor (Podişul Moldovei Centrale, Podişul Nistrului, Colinele Tigheci şi altele) are loc redistribuirea precipitaţiilor pe teritoriul ţării - creşterea cantităţii lor pe versanţii din calea vânturilor şi scăderea acestora pe versanţii protejaţi de vânt.  Creşterea cantităţii de precipitaţii (peste 550 mm) în regiunea Podişului Moldovei Centrale (pe fondul general de scădere a lor în direcţia de la nord-vest spre sud) este determinată nu numai de mărirea altitudinii, dar şi de prezenţa în această regiune a celor mai mari masive forestiere.  Dincolo de podişuri, în partea protejată de vânturi, invers, se semnalează scăderea cantităţii de precipitaţii - aşa numită “umbră de ploaie”. Creşterea cantităţii de precipitaţii pe versanţii podişurilor Republicii Moldova, deschişi pentru vânturile umede vestice şi nord-vestice, alcătuieşte circa 60 mm pe an la fiecare 100 m altitudine. O scădere vizibilă a cantităţii de precipitaţii are loc în apropierea bazinelor mari de apă şi a cursurilor de apă ale râurilor mari (lacurile de acumulare Stânca-Costeşti şi Dubăsari, văile râurilor Nistru şi Prut).  Însă şi mai mare este variabilitatea sumei de precipitaţii de la an la an. În unii ani cantitatea precipitaţiilor se poate abate de la valoarea medie multianuală cu ±200-300 mm şi mai mult pe an. În 30-40% ani de observaţii abaterea de la norma anuală întrece ± 100 mm, adică aproape în jumătate din toţi anii menţionaţi cantitatea precipitaţiilor poate să fie diferită faţă de valoarea medie multianuală cu o valoare, ce întrece suma precipitaţiilor căzută în toată perioada rece a anului.  Pentru Moldova cel mai umed a fost anul 1912, când cantitatea maximă a precipitaţiilor căzute a constituit 915 mm, iar cea mai mică cantitate anuală de precipitaţii a fost înregistrată la Comrat în anul 1928 - 208 mm.  Astfel, principala trăsătură a regimului precipitaţiilor atmosferice pe teritoriul Moldovei o reprezintă variabilitatea şi discontinuitatea mare a lui în timp şi în spaţiu. Această trăsătură decurge din cauza interacţiunii factorilor genetici de bază (la scară continentală) cu factorii locali.