Regiunea de Dezvoltare Sud este foarte atractivă prin o mulţime de rezervaţii de excepţie cum ar fi Nistrul Inferior şi Prutul de Jos. Chiar dacă acestea şi până în prezent rămân a fi intacte şi nu sunt amenajate pentru vizite turistice, în Regiunea de Dezvoltare Sud sunt 12 categorii de arii naturale.  Fondul ariilor naturale protejate de stat reprezintă 308 de arii naturale protejate de stat, inclusiv: 178 de diverse tipuri de rezervaţii, 130 monumente ale naturii şi 433 arbori seculari.  Opt tipuri dintre ariile protejate corespund Uniunii Internaţionale de Conservare a Naturii, iar patru categorii sunt de interes naţional (grădina botanică, grădina dentrologică, monument de arhitectură peisageră, grădina zoologică). O serie de zone protejate sunt situate în perimetrul localităţilor rurale, ceea ce stimulează atât agroturismul, dar şi turismul în mediul rural. O parte considerabilă a obiectivelor incluse în fondul ariilor naturale protejate fac obiectul traseelor turistice.  În Regiunea de Dezvoltare Sud componente ale Fondului de arii naturale protejate sunt: 1 rezervaţie ştiinţifică, 15 monumente naturale geo-paleontologice, 2 monumente naturale hidrologice, 11 rezervaţii naturale silvice, 1 rezervaţie naturală de plante medicinale, 3 rezervaţii naturale mixte, 6 rezervaţii peisajere cu vegetaţie de luncă, 1 sistem de perdele forestiere de protecţie, 2 zone umede de importanţă internaţională (Ramsar).  Printre cele mai reprezentative în Regiunea de Dezvoltare Sud sunt: rezervaţia ştiinţifică Prutul de Jos (1609 ha), rezervaţia peisajeră Grădina Turcească (224 ha), situl Ramsar Nistrul Inferior, ect.  În Regiunea de Dezvoltare Sud sunt câteva proiecte de lansare a unor parcuri naţionale (Nistrul de Jos) şi unei rezervaţii biosferice (Prutul de Jos). Acest tip de arii naturale protejate de stat constituie formele cele mai des utilizate în stăinătate pentru turism.