Pe tot parcursul sec. XIX Biserica din ţinutul nou alipit la Imperiul Rus, numit Basarabia era administrată de către arhiereul eparhial şi Consistoriul Duhovnicesc. Arhiereul era înaintat de către Sinod şi întărit de către Ţar. Pentru că în această perioadă biserica rusă devine un aliat credincios al statului, pus în slujba lui cu toate organele şi mijloacele vieţii bisericeşti. În fruntea bisericii era Sinodul, compus din episcopi, care toţi erau numiţi de către Ţar, devenind astfel înalţi demnitari ai guvernului. Sinodul n-a fost lăsat liber nici în activitatea lui interioară, deoarece această activitate trecea sub supravegherea ober-procurorului sinodal. Consistoriul Duhovnicesc din Chişinău, ca organ administrativ, pe lîngă arhiereu, se conducea întru activitatea sa după dispoziţia arhiereului, de regulile Sf. Părinţi, de R egulamentul Duhovnicesc a toată Rusia, de ucazurile şi dispoziţiunile arhiereului. Toţi membrii Consistoriului Duhovnicesc din Chişinău, pe baza recomandării arhiereului erau întăriţi de către Sinod. Astfel personalul Consistoriului Duhovnicesc atîrna întru totul de arhiereu. În fond arhiereul conducea toată activitatea Consistoriului. În caz de divergenţă între secretar şi membrii Consistoriului, secretarul avea dreptul să atragă atenţia asupra legilor şi a cauzei, pe urmă, în acelaşi sens raporta arhiereul. În caz de divergenţă între arhiereu şi membrii Consistoriului, după a doua examinare a chestiunii în Consistoriu, hotărîrea arhiereului se aducea la îndeplinire. Dispoziţiunile arhiereului date Consistoriului Duhovnicesc erau aduse la cunoştinţa preoţilor de mir prin protopopi şi blagocini, iar cinului monahal prin stareţi de mănăstiri, care erau şi membri ai Consistoriului.