Evreii, care trăiau în Principatul Moldovei, aparțineau, în principal, celor două grupuri subetnice: sefarzii, care vorbeau limba ladino, și așkenazii, care vorbeau limba idiș. În istoriografia moldovenească și cea românească, există o opinie destul de controversată precum că anume sefarzii au locuit în orașele portuare Belgorod și Chilia înainte de perioada moldovenească. Punctul de cotitură pentru soarta populației acestor orașe a fost anul 1484, când ea a fost cotropităde otomani. Populația urbană rămasă s-a mutat la Porto. În 1492, evreii sefarzi expulzați din Spania au început să migreze în diferite părți ale Imperiului Otoman, inclusiv în orașele din Moldova, ocupate de turci. Cercetătorii din secolele XIX-XXI vorbesc, în linii mari, despre acest proces și despre numărul sefarzilor, care au locuit în Moldova. De-a lungul istoriei Principatului Moldovei, așkenazii au constituit majoritatea evreilor ce au locuit pe teritoriul lui. Din diverse motive, ei s-au mutat sau au fugit în Moldova. În cea mai mare parte, așkenazii s-au mutat din Polonia vecină. Migrarea masivă în Moldova s-a produs în perioada crizei Poloniei în a doua jumătate a sec. al XVII-lea – începutul sec. al XVIII-lea. În Moldova locuia și un număr mic al adepților sectei evreiești a karaimilor. În istoriografie, există două curente diferite: cel care apără originea evreiască și cel care susține originea turcă a karaimilor. Unii oameni de știință admit apariția karaimilor pe teritoriul Moldovei spre sfârșitul sec. XIV – începutul sec. XV. Karaimii au trăit continuu pe teritoriul fostului principat moldovenesc, fapt demonstrat de recensământul efectuat în Basarabia în 1897. În Moldova, pe lângă karaimi, existau și grupuri mici de reprezentanți ai altor secte evreiești. Predominarea evreilor așkenazi comparativ cu evreii sefarzi și reprezentanții diferitor secte evreiești a devenit decisivă pentru dezvoltarea culturală și istorică a evreilor din Moldova.