Статья посвящена анализу разных российских методик оценки результативности научной деятельности, сравнению основных направлений, критериев и показателей с набором инструментов, предлагаемых в методике Министерства науки и образования РФ. Работа выполнялась на основе контентанализа документов различных ведомств с позиций методологии системного анализа. Дискуссионные проблемы по каждому направлению оценивания выявлялись с позиций проверки гипотезы о возможности применения официальной методики для комплексной оценки деятельности как отдельных научных организаций, так и их функционирования в научно- производственных цепях. Сделан вывод о необходимости дополнения методики c учетом современных ситуаций в организации науки как целостной системы. Внесены предложения по совершенствованию методологии оценивания, которые учитывают дифференцированный подход к оценке научных результатов в НИИ разной тематической специализации, видам теоретических и прикладных результатов, особенностями их комплиментарности в разных научно- производственных цепях. Предполагается, что результаты статьи можно использовать в практике управления научной деятельности научных организаций, а также в ходе организационно-экономической реструктуризации сети научных организаций России. Данное исследование выполнено при финансовой поддержке Программы фундаметальных исследований Президиума РАН № 35

This article is aimed at the investigation of various science evaluation systems in Russian Federation, comparison of key areas in different research fields, main indicators and parameters with assessment model created by Ministry of education and Science. This study was carried out by means of content analysis of documents from different scientific and government structures and departments and it is based system analysis approach. Different contestable issues for each direction which were high-lighted during verification of possibilities for implementation official methods for complex assessment of particular scientific organizations and for the evaluation of their performance within scientific and production networks. 44Idea for additional upgrade of this instruments is based on the necessity to get on with the latest changes in the composition of academy of science as an integral system. Suggestions to improve the methods of assessment which are based on the differential approaches were made. This approaches include multi-valued assessment of the scientific results in various institutes with different directions of research work, different types of theoretical and applied science achievements, complementary elements in different scientific value chains. It is assumed that the results can be implemented in the management of scientific institutes in their research activities and as a road map for reformation of scientific institutes network.