La începutul anilor 1940 Patriarhia Moscovei a început să joace un rol importat în planurile politicii externe a statului sovietic. Dacă în anii 1936-1936 statul a curmat cu vehemenţă toate relaţiile Bisericii Ortodoxe Ruse cu alte organizaţii religioase din lume, situaţia se schimbă odată cu începutul războiului. Pentru punerea în aplicare a planurilor sale, sovieticii au avut la îndemână un instrument pe care nu întârzie să-l utilizeze ori de câte ori exista necesitatea să alimenteze şovinismul imperial. Este vorba de ideea că Moscova este „cea de a Treia Romă”, idee care îşi are originea prin secolul al XV-lea, în scrisoarea călugărului Filotei, stareţul mănăstirii Eleazar din Pskov, din 1523, adresată diacului cneazului Vasile al III-lea, Misiurie Munehin, cu argumentarea ideii despre Moscova ca „cea de a Treia Romă” Conceptul nu a dispărut nici în perioada regimului comunist, doar că i s-a dat o altă interpretare. Moscova nu mai era cetatea eternă păzită de Dumnezeu, ci o mare capitală a lumii în care rezidează o conducere dictatorială atee, un imperiu comunist care tinde să încorporeze o bună parte a popoarelor lumii. Teoria „Moscova cea de a Treia Romă” devine foarte populară în timpul celui de al Doilea Război Mondial. Pornind de la patosul acelor zile, pentru sovietici Moscova este inima ţării, pierderea capitalei era de neconceput. După operaţia militară de la Stalingrad, Stalin se vede împărţind sferele de influenţă în Europa. El intuieşte că îi va fi mai uşor să depăşească bariera ideologică cu popoarele europene folosind canalele bisericeşti. Stalin presupunea ca în primul rând să folosească Bisericile Ortodoxe din Europa. Iar pentru Biserica Ortodoxă Rusă, Stalin avea un plan şi mai grandios, să facă din ea un centru al ortodoxiei mondiale, ceva de felul „Vaticanului de la Moscova”. Lucrul acesta putea fi facilitat şi de faptul că în Europa erau destule parohii care se supuneau juridic (canonic) Patriarhiei Moscovei. O componentă importantă a planului stalinist de organizare a unui centru religios mondial la Moscova era lupta cu Vaticanul, în care era implicată şi Patriarhia Moscovei. Luptând cu Vaticanul, Patriarhia Moscovei urma să ocupe locul de lider în lumea creştină şi din această poziţie, să promoveze influenţa sovietică asupra majorităţii omenirii. Planul organizării unei mişcări antiecumenice, anticatolice culminează cu organizarea Consfătuirii Panortodoxe la Moscova în 1948, la care au participat conducătorii a 11 din 13 Biserici Ortodoxe Autocefale, cu excepţia Patriarhiei Ierusalimului şi Biserici Ciprului. Între 8 şi 18 iulie 1948, cu ocazia sărbătoririi a 500 de ani de la proclamarea autocefaliei Bisericii Ortodoxe Ruse, la Moscova s-a întrunit o primă conferinţă panortodoxă. Conferinţa a fost gândită de către autorităţile sovietice ca un pas important pe calea prefacerii Moscovei într-un centru al ortodoxiei ecumenice, la fel şi pentru consolidarea Bisericilor locale ortodoxe în lupta contra Vaticanului. Problema acordării Patriarhiei Moscovei a unei întâietăţi onorifice în cadrul ortodoxiei nici nu a fost pusă pe agenda conferinţei. După cum au arătat evenimentele ulterioare, planul de a crea la Moscova un centru mondial al creştinătăţii a eşuat.