Изучена динамика туннелирования бозе–конденсированных атомов в двухямной ловушке с учетом процессов линейного одноатомного и нелинейного парного туннелирования через барьер между ямами. Решения полученной системы нелинейных эволюционных уравнений, описывающих нестационарное туннелирование, показывают, что существуют как периодический, так и апериодический режимы эволюции разности населенностей ям. Особенности временной эволюции системы определяются начальной разностью населенностей и начальной разностью фаз. Указано на возможность существования явления квантового самозахвата и фазового управления динамикой системы.