În conformitate cu legislaţia cultelor, în RSSM activau două categorii de comunităţi religioase. Prima categorie o constituiau comunităţile legale și a două – comunităţi ilegale. La cele legale erau atribuite: Biserica Ortodoxă Rusă, Biserica Romano-Catolică, Biserica Ortodoxă de Rit Vechi (Lipovenească), Cultul Mozaic, Cultul Creștin Evanghelist-baptist, Cultul Penticostal, Cultul Adventist de Ziua a 7-a și cultul Molocanilor. Pe lângă cele recunoscute de stat, mai funcţionau ilegal câteva asociaţii religioase „ilegale”: inochentiștii, Martorii lui Iehova, Penticostalii, Adventiștii reformaţi și menoniţii. Statutul cultului legal sau ilegal al comunităţilor religioase era determinat de faptul dacă au trecut sau nu procedura de înregistrare la organele competente – la Consiliul pentru problemele Bisericii Ortodoxe Ruse sau la Consiliul pentru problemele cultelor religioase. Cele care au trecut înregistrarea erau clasate în categoria cultelor legale, cele ce nu au trecut-o erau incluse în categoria cultelor ilegale cu toate epitetele: antisovietic, totalitar, agent al statelor străine ș.a. Unele culte religioase și părţile lor componente refuzau din varii motive să treacă procedura înregistrării la organele competente ale statului sovietic, aflându-se în opoziţie faţă de acestea, astfel plasându-se în categoria comunităţilor ilegale. Nimereau în categoria comunităţilor ilegale și comunităţile religioase care ar fi dorit să fie înregistrate, dar li s-a refuzat înregistrarea din varii motive, cel mai des – din nedorinţa autorităţilor de a spori numărul comunităţilor religioase, deoarece obiectivele statului era să lichideze fenomenul religios, considerat ca rămășiţă a trecutului întunecat. Dar și comunităţile religioase înregistrate, care activau legal, puteau fi trecute în categoria celor ilegale pentru varii motive, cel mai des, inventate de autorităţile sovietice, în special pentru presupuse încălcări ale legislaţiei cultelor.Este necesar să menţionăm că în câmpul legislativ intrau și diferite hotărâri, instrucţiuni, scrisori explicative ale celor două Consilii, printre care și „Instrucţia cu privire la controlul asupra respectării legislaţiei cultelor”. Documentul era cu titlul „secret”, cu conţinutul acestei instrucţiuni nefiind familiarizaţi nici colaboratorii Împuterniciţilor, deoarece se păstra într-un safeu sigilat, destinat pentru documentele secrete. Este firesc că cei cărora li se cerea respectarea legislaţiei nici nu știau ce le este interzis. De aceea autorităţile locale puteau, la propria decizie, să califice cutare sau cutare activitate a comunităţii ca fiind legală sau ilegală. Astfel, legislaţia sovietică nu era consecventă. Atunci când era spre folosul statului, cultele aveau dreptul la activitate filantropică, este destul să ne amintim de ajutoarele colectate de Biserică în timpul războiului. Să nu uităm că cultele religioase erau cei mai mari donatori în Fondul pentru Pace și în Fondul conservării și restaurării monumentelor de cultură și istorie. Pentru lichidarea comunităţilor religioase se organizau și provocări. Spre exemplu, venea cineva noaptea la preot și-l implora să meargă acasă să-i boteze copilul care e pe moarte. Preotul nu putea să refuze o astfel de cerere și mergea. După ce pregătea toate cele necesare pentru oficierea botezului, se aprindea lumina în casă și preotul se vedea înconjurat de camere de filmat sau de fotografiat și se întocmea un act despre încălcarea legislaţiei cultelor. Ca urmare, preotul era lipsit de înregistrare și nu mai putea activa. La biserică nu mai era trimis un alt preot și, peste un an, biserica era închisă pe motiv că nu activează. Iar dacă o perioadă de timp, din inerţie, comunitatea mai continua să activeze, nimerea în categoria celor ilegale. Practic, chiar și comunităţile religioase înregistrate, sau legale, erau neputincioase în faţa autorităţilor sovietice, nefiind în stare să-și desfășoare activitatea în deplină corespundere cu credinţa lor, riscând în orice moment să nimerească în categoria comunităţilor ilegale.