După realizarea unităţii naţionale, în faţa intelectualilor ardeleni s au ridicat numeroase probleme ce reclamau o rezolvare rapidă. Intelectualii români din Transilvania implicaţi în realizarea unirii considerau că, alături de reformele care trebuiau să ducă, în final, la integrarea noilor provincii în structurile Vechiului Regat, o problemă de maximă importanţă pentru populaţia românească din provinciile unite o constituia organizarea unui sistem de învăţământ în limba română, îndeosebi la nivel universitar. În noua instituţie de învăţământ superior, care şi-a deschis porţile în toamna anului 1919, Silviu Dragomir a fost propus pentru angajare de către Sextil Puşcariu, ca profesor agregat pentru istoria popoarelor din sud-estul Europei, la catedra de istorie din cadrul Facultăţii de Filosofie şi Litere. Din anul 1923, Silviu Dragomir este numit profesor titular pentru istoria popoarelor sud est europene. Tânărul profesor universitar a susţinut la universitatea clujeană prelegeri de istoria popoarelor slave, a românilor balcanici, precum şi cursul consacrat Revoluţiei de la 1848, apreciate de studenţi, până în anul 1947, când a fost pensionat abuziv, din motive politice, înainte de împlinirea vârstei legale. Precizăm că anii în care Silviu Dragomir a fost profesor la Universitatea din Cluj şi-au pus amprenta asupra cercetărilor sale. Opera lui poate fi structurată, evident cu un oarecare subiectivism, în funcţie de momentul în care a fost redactată. Prima perioadă ar coincide cu debutul în cercetarea istorică şi s ar încheia în jurul anului 1918. Remarcăm, cu deosebire, studiile de medievistică consacrate instituţiilor româneşti, studiul critic din lucrarea Contribuţiuni istorice privitoare la istoria românilor de pe pământul crăiesc, precum şi cercetarea raporturilor religioase româno-ruse din secolele XVII-XVIII. Perioada interbelică, urmată de anii petrecuţi în refugiul sibian şi de reîntoarcerea la Cluj, până în 1947, când este pensionat, se conturează ca a doua etapă însemnată din activitatea istoriografică a lui Silviu Dragomir. Este o perioadă deosebit de fertilă pentru istoric. Din punct de vedere tematic, constatăm existenţa unei continuităţi problematice; apar însă şi subiecte noi, legate îndeosebi de trecutul populației de origine romanică din nord-vestul Peninsulei Balcanice, de Revoluţia de la 1848, precum şi de mişcările religioase din secolul al XVIII-lea din Transilvania.