În ultimul timp, tot mai frecvent este utilizată metoda bioindicaţiei în monitorizarea calităţii mediului, care se bazează pe studiul unor specii sau comunităţi de organisme sensibile la schimbarea condiţiilor mediului. Din acest grup un rol important îl au algele, care dispun de mecanisme fiziologice ce contribuie la curăţarea de poluanţi a mediului în care ele se dezvoltă şi servesc ca buni indicatori biologici în evaluarea stării ecosistemelor acvatice. A fost studiată algoflora planctonică şi perifitonică a lacului Valea Morilor. Din cele 124 de specii şi variaţii de alge evidenţiate, circa 70% sunt indicatoare a nivelului de poluare a apei cu substanţe organice. S-a constatat dezvoltarea exagerată a unor specii din genurile Microcystis, Anabaena, Aphanizomenon, Trachelomonas, Chlamydomonas ş.a., care, în perioada caldă a anului provocă fenomenul „înfloririi” apei. În procesul metabolismului algele formează diverse substanţe chimice, multe dintre care sunt toxice pentru animalele acvatice. În perioada rece a anului în acest bazin sunt evidenţiate specii din filumul Bacillariophyta. Primăvara, continuă dezvoltarea abundentă a diatomeelor, la care se asociază şi algele verzi, mai cu seamă cele din clasa Chlorococcophyceae, care sunt frecvente în plancton. Totodată în perifiton încep a se dezvolta clorofitele filamentoase din clasa Ulothrichophyceae – specii din genurile Oedogonium, Stigeoclonium, Enteromorpha, Cladophora, Rhizoclonium ş.a. În perioada caldă a anului domină clorofitele şi cianoprocariotele. Frecvente în apa lacului s-au dovedit a fi aşa specii ca: Anabaena flos-aquae (β), Aphanizomenon elenkinii (β-o), Merismopedia punctata (o-α), Microcystis aeruginosa (β), Oscillatoria agardhii (β), O. chalybea (α), Phormidium molle β-α din cianoprocariote; Bacillaria paradoxa (β), Cocconeis pediculus (β), C. placentula (β), Cymbella cistula (β), Gomphonema augur (β), G. olivaceum (β), Hantzschia amphioxys (α), Melosira varians (β), Navicula cryptocephala (α), N. rhynchocephala (α), Nitzschia dissipata (o-β), N. palea (α), N. paleacea N. sigmoidea (β), Rhoicosphenia curvata (β), Synedra tabulata (α) din diatomee; Chlamydomonas ehrenbergii (α), C. reinhardtii (α), Cladophora glomerata (β), Coelastrum microporum (β), Gonium pectorale (p-α), Monoraphidium arcuatum (β), M. contortum (β), Pediastrum boryanum (β), Rhizoclonium hieroglyphicum (o-β), Scenedesmus acuminatus (β), S. quadricauda (β), Stigeoclonium tenue (α) din clorofite; Euglena viridis (p-α), E. polymorpha (α), Trachelomonas hispida (β) din euglenale.