Markerii moleculari au o importanţă deosebită în aprecierea componenţei ereditare a organismului şi reprezintă principalele forţe motrice ale ameliorării, la baza căreia stau caracterele morfologice, ce depind în mare măsură de condiţiile de mediu. Astfel, aceştia prezintă o serie de avantaje faţă de markerii fenotipici tradiţionali, oferind posibilitatea de a perfecta efi cienţa ameliorării plantelor, realizând selecţia prin intermediul markerilor moleculari linkaţi cu caracterul cercetat. O problemă importantă în analiza genomului este identifi carea caracterelor, care ar permite evidenţierea genelor. Utilizarea ADN şi a proteinelor, ca produse ale expresiei genelor, în calitate de markeri, permite rezolvarea parţială a acestei probleme. Baza moleculară a metodelor de marcare moleculară o reprezintă însăşi molecula de ADN, ce permite soluţionarea problemei impregnării genomului cu markeri şi marcarea, practic, a oricăror regiuni genomice, inclusiv şi a celor necodifi catoare. Sistemul de markeri oferă posibilitatea utilizării în analiza oricărui ţesut şi organ, indiferent de stadiul de dezvoltare al organismului şi are un şir de avantaje faţă de alte tipuri de markeri: • identifi carea exactă a locilor genelor; • depistarea mutaţiilor mici, invizibili morfologic, dar cu importanţă majoră pentru ameliorare; • moştenirea codominantă, care poate fi determinată după aspectul fenotipic; • utilitatea în analizele genetice şi fi logenetice, începând cu polimorfi smul alelic şi genic, până la compararea organismelor din punct de vedere evolutiv (la nivel de grupă sistematică). S-a stabilit, că utilizarea succesiunilor polimorfe de ADN în calitate de sisteme de marcare create pe bază de PCR, a rezolvat problema impregnării genomului cu markeri. De asemenea, metode înalt tehnologice de analiză a polimorfi smului ADN au determinat aplicarea pe larg a noului tip de markeri SNP, care uneşte o parte semnifi cativă de markeri ADN, priviţi anterior ca grupuri independente (RFLP, SSCP, SCAR, AFLP, etc). Markerii STS sunt markeri monomorfi , întrucât ei sunt utilizaţi în experienţele, ce manifestă gradul jos al polimorfi smului, de cartare fi zică ale genomului a evidenţierea secvenţelor testate în clonele recombinate sau la plantele modifi cate genetic. Markerii EST prezintă markeri ai secvenţelor expresate din genom, obţinute în baza ARNm, izolat din ţesuturi diferite. Markerii ISSR se referă la markerii cu moştenire dominantă, la care polimorfi smul se testează după prezenţa/absenţa zonei. Pentru crearea acestor markeri se utilizează primeri complementari repetiţiilor microsatelitice (4-12 unităţi de repetiţie). Astfel de primeri permit amplifi carea fragmentelor de ADN, care se afl ă între două secvenţe microsatelitice situate destul de aproape (ADN unical). La moment se foloseşte analiza microarray şi secvenţierea de ultimă generaţie care permit estimarea unui număr de ordinul zecilor de mii şi milioanelor de secvenţe într-o singură experienţă pentru estimarea expresiei genelor, hibridizarea genomică comparativă, genotiparea prin determinarea SNP-urilor, detectarea splicing-ului alternativ. Tehnologiile de cercetare de înaltă performanţă, permit rezoluţia majoră pentru identifi carea variaţiilor genetice şi generează o creştere explozivă a informaţiilor, acestea devin tot mai răspândite şi permit avansarea rapidă a cunoştinţelor fundamentale şi aplicative. Utilizarea tehnologiilor de înaltă performanţă, au permis fi nisarea secvenţierii genomurilor unor şir de organisme, iar în prezent producătorii de chip-uri produc platforme pentru un şir de plante de interes, de ex.: • Aff ymetrix: Sugar_Cane; Vitis_Vinifera; Barley1; Cotton; Maise, Poplar, Rice, Soybean, etc. • Agilent: Arabidopsis thaliana; Oryza sativa.